时间机器的密码解法是游戏流程中的关键节点之一，需要将代表时间和空间的两块石头放入机器内触发机关。在笔记本最后一页使用铅笔涂抹后会出现8个密码原型，这些符号需与外星人实验室屏幕上的符号进行对应。输入顺序为1234、5678，正确输入后机器会发出蓝光并开启时空之门。
这一谜题的难度主要体现在符号对应关系的辨识上。部分玩家通过工厂中外星人提供的线索结合日记本涂抹后的痕迹进行破译，而一周目和二周目的密码设定完全相同。从现有攻略资料看，该密码解法已被多数通关玩家掌握，但具体破解人数难以统计。解谜过程中存在多个验证环节，包括石块放置、符号比对和顺序输入等步骤。
时间机器的运作机制与游戏核心的时间主题紧密相关。成功激活后，玩家会穿越到千年前的岛屿，时空之门嵌在石头中形成新的探索区域。该机关的设计融合了视觉密码学和环境叙事手法，机器发出的蓝光具有重复使用特性，允许玩家在不同时空之间往返以解决后续谜题。
从解谜逻辑分析，密码系统的设计遵循了游戏整体非线性叙事的特征。工厂外星人实验室的屏幕与日记本涂抹痕迹构成了双重验证，这种设计既增加了探索深度，也保持了逻辑自洽。在众多游戏攻略社区中，该密码解法已被系统化整理，成为标准通关流程的组成部分。
